Struktur Organisasi Dinas Perdagangan Kota Samarinda terbentuk dari dilikuidasinya Dinas Pasar dan pemisahan urusan dari Dinas Perindustrian dan Perdagangan Kota Samarinda berdasarkan Undang–Undang Republik Indonesia Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintah Daerah, yang diturunkan pada Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah serta diatur dalam Peraturan Daerah Kota Samarinda Nomor 4 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, dan dijabarkan lebih rinci pada Peraturan Walikota Nomor 48 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Dinas Perdagangan Kota Samarinda.

Dinas Perdagangan Kota Samarinda sebagai salah satu lembaga teknis pada urusan Bidang Perdagangan di daerah Kota Samarinda merupakan lembaga berbentuk dinas yang mempunyai fungsi koordinasi secara horizontal dengan pemerintah pusat dan provinsi serta fungsi pelayanan kepada masyarakat.

Susunan organisasi Dinas terdiri atas:

Dinas Perdagangan Kota Samarinda merupakan unsur pelaksana urusan Perdagangan yang dipimpin oleh seorang Kepala Dinas. Dalam melaksanakan tugasnya, Kepala Dinas berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Daerah sesuai dengan penjabaran tugas, fungsi, dan tata kerja sebagaimana diatur dalam Peraturan Walikota Samarinda Nomor 48 Tahun 2016.