Pada saat pecah Perang Gowa, pasukan Belanda di bawah Laksamana Speelman memimpin Angkatan Laut menyerang Makassar dari laut, sedangkan Arupalaka yang membantu Belanda menyerang dari daratan. Akhirnya Kerajaan Gowa dapat dikalahkan dan Sultan Hasanuddin terpaksa menandatangani perjanjian yang dikenal dengan Perjanjian Bongaja pada tanggal 18 November 1667.

Sebagian orang Bugis Wajo dari Kerajaan Gowa yang tidak mau tunduk terhadap perjanjian tersebut memilih melanjutkan perlawanan dan sebagian lainnya hijrah ke daerah lain, termasuk ke Kalimantan Timur untuk mengabdikan diri kepada Kerajaan Kutai. Rombongan yang dipimpin oleh La Mohang Daeng Mangkona diterima dengan baik oleh Sultan Kutai.

Mereka bermukim di kawasan sekitar Muara Karang Mumus (Selili Seberang), namun wilayah ini memiliki tantangan karena arus sungai yang berputar (berulak) dan kondisi geografis sekitar Gunung Selili, sekitar tahun 1668.

Pemukiman dengan rumah rakit di atas air dibangun sejajar satu sama lain, melambangkan kesetaraan derajat tanpa memandang bangsawan atau rakyat biasa. Dari istilah daratan rendah atau renda, kawasan ini kemudian dikenal sebagai Samarinda.

Orang Bugis Wajo mulai menetap di Samarinda pada Januari 1668 yang kemudian ditetapkan sebagai hari jadi Kota Samarinda, berdasarkan Peraturan Daerah Kotamadya Samarinda Nomor 1 Tahun 1988.

Pembentukan Pemerintah Kota Samarinda didasarkan pada Undang-Undang Nomor 27 Tahun 1959. Seiring waktu, wilayah administratif Samarinda berkembang hingga saat ini memiliki 10 kecamatan dan 59 kelurahan.